磁力隔離泵在使用時應該注意的事項包括三個方面。

防止顆粒進入：不允許有鐵磁雜質、顆粒進入磁力傳動器和軸承摩擦副；輸送易結晶或沉淀的介質后要及時沖洗(停泵后向泵腔內灌注清水，運轉1min后排放干凈)，以保障滑動軸承的使用壽命；輸送含有固體顆粒的介質時，應在泵流管入口處過濾。

防止退磁：在規定溫度條件下運行，嚴禁介質溫度超標。可在磁力泵隔離套外表面裝設鉑電阻溫度傳感器檢測環隙區域的溫升，以便溫度超限時報警或停機。

防止干摩擦：盡量減少空轉時間。